Klinisk mikrobiologi i Hvidovre gør klar til at analysere for den smittefarlige delta-mutation
”Vi arbejder på højtryk. I eftermiddag skal vi melde ind Danske Regioner, hvornår vi er klar til at analysere med PCR Delta, for at detektere den nye klon og til at sekventere alle positive prøver, som led i smitteopsporingen”, fortæller Susanne Pedersen.
På Klinisk Mikrobiologisk afdeling på Hvidovre Hospital skal man fremover - også - sekventere de positive coronaprøver. Arkivfoto fra Herlev Hospital: Ólafur Steinar Rye Gestsson/Ritzau Scanpix
”Vi arbejder på højtryk. I eftermiddag skal vi melde ind til Danske Regioner, hvornår vi er klar til at analysere med PCR-Delta, for at detektere den nye klon og til at sekventere alle positive prøver, som led i smitteopsporingen”, fortæller Susanne Pedersen, ledende bioanalytiker i Klinisk Mikrobiologisk afdeling på Hvidovre Hospital torsdag den 7. januar.
Alle prøver for Covid-19 køres fremover som sædvanligt i afdelingens fuldautomatiserede Panther PCR udstyr, som anvender et kommercielt testkit, der giver hurtige svar, men ikke kan detektere den nye delta- mutation. I offentligheden nok bedre kendt som den engelske mutation, som er 50-70 procent mere smitsom end den hidtil almindelige variant af coronavirusset.
Positive prøver testes for ny mutation
Alle positive prøver køres derefter i andet udstyr, kaldet Roche Flow, hvor bioanalytikerne med en ny in-house analyse kan dektektere den nye delta-mutation.
”Vi har fået opskriften fra Statens Serum Institut, og afdelingens molekylærbiologer er i fuld gang med at sætte den op,” forklarer Susanne Pedersen.
Ny opgave med sekventering
”Nationalt er det meget vigtigt for myndighederne at kunne følge, hvor udbredt den nye klon er, fordi den er så smitsom, som den er. Vi skal derfor sekventere alle de positive prøver for at kunne hjælpe myndighederne, så de kan intensivere smitteopsporingen”, forklarer Susanne Pedersen.
I afdelingen er der bioanalytikere, som er vant til at fuldgenomssekventere fx for MRSA, og det bliver dem, der skal stå for sekventering af de positive prøver.
I december blev sekventeringsanalysen sat op, og Susanne Pedersen regner med, at de kan gå i gang inden for nærmeste fremtid.
300-400 sekventeringer om ugen
En fuldgenomssekventering tager tæt på en uges tid, fordi der i processen indgår en del tidskrævende håndarbejde. Susanne Pedersen vurderer, at afdelingen skal sekventere 3-400 prøver om ugen.
”Det er en ny opgave for os, som vil kræve både nyt apparatur, flere stillinger og en ændring for de bioanalytikere, der arbejder med sekventeringen. I dag er det en vagtfri funktion, men med så mange prøver, vil de muligvis også skulle indgå i vagter”, siger Susanne Pedersen.
