25-03-2020

Sådan tester bioanalytikerne for coronavirus covid-19 på Odense Universitetshospital

Bioanalytikerne på Klinisk Mikrobiologisk Afdeling på Odense Universitetshospital tester lige nu for coronavirus på flere forskellige måder. ​Med Cobas 6800, Roche PCR flow, manual analyse og man håber snart at kunne udvide med hurtigdiagnostik.

​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​Af Lene Terkelsen, journalist​​​​​

Hver dag bliver der lige nu kørt godt 100 prøver for coronavirus covid-19 på Klinisk Mikrobiologisk Afdeling på Odense Universitetshospital. Det fortæller ledende bioanalytiker Pia Steinicke, der har haft travlt, siden hun den 24. februar fik beskeden om, at afdelingen skulle teste for den nye virus.

På OUH var man forberedt. Allerede i januar havde man nedsat en taskforce, som bl.a. skulle undersøge muligheder for levering af kits.

Afdelingen valgte til at begynde med at kopiere den analysemetode, som Statens Serum Institut anbefalede, og det var med Pia Steinickes ord ”ret håndholdt” i starten, men man arbejdede sideløbende med at opsætte et automatisk PCR-flow, der kunne køre endnu flere prøver. 

Samtidig blev der bestilt kits og sat medarbejdere i oplæring til at teste for coronavirus i den fuldautomatiske maskine Cobas 6800, som OUH havde i forvejen. Ved at sprede metoderne gjorde man sig mindre sårbar overfor problemer med at få kits leveret.

"Hele verden vil jo have det samme på samme tid," som Pia Steinicke siger. 

3 forskellige coronametoder og en fjerde på vej

Sammen med afdelingsbioanalytiker Marlene Olsen beskriver Pia Steinicke analysemetoderne således:

Cobas 6800

​Cobas 6800 er en fuldautomatisk maskine, der tidligere har været benyttet til at teste for andre sygdomme, men med nye testkits er det blevet muligt at teste for coronavirus.


webDorte_Thorup_COBAS_6800_3.JPG.jpg 

Bioanalytiker Dorte Thorup og Cobas 6800, der anvendes i covid-19 analy​serne. Privatfoto

 

  • Antal prøver: Kan køre op til 96 prøver pr. halvanden time. 
  • Testtid: ca. 3 timer.
  • Kits: Reagenser og plast utensilier.​

  • Fordele: Stor kapacitet. 
  • Ulemper: Når kapaciteten ikke udnyttes, så man for eksempel kun kører 20 prøver, hvilket er spild af plastik utensilier.

Roche flow PCR

Man kører et PCR-flow i fire maskiner, der står i forlængelse af hinanden. 
  1. ​Først registreres og evt. forbehandles prøverne. 
  2. De indsættes og overføres til en plade i den første maskine (PSH). 
  3. I anden maskine (MagNapure 96) oprenses prøven, så det tilbageværende materiale kun indeholder virus og bakterier.  
  4. Den tredje maskine (PSU - en robot, der pipetterer PCR-mix og prøver), udportionerer prøven til de forskellige mix som prøven skal undersøges for. 
  5. Den fjerde maskine (LightCycler 480) er en form for fotomaskine, hvor man ved skiftende temperaturer og ved hjælp af primere og prober kan påvise, om der er virus tilstede. Groft sagt ”lyser det op” i LightCycler 480, hvis der er tale om en positiv reaktion fx coronavirus. Jo mere, der er tilstede, jo mere lyser den op. 

webKatja_Maj_Højland_Flow_PCR.JPG.png 

Bioanalytiker Katja Maj Højland og Roche Flow PCR, som også anvedes i coronavirus-analyserne. Privatfoto


  • ​Antal prøver: Der kan maksimalt køres 96 prøver. 
  • Testtid: I alt: 4,5 timer + forbehandling og tolkning af svar.
  • Kits: reagenser og plast utensilier.​

  • Fordele: Man kan foretage flere analyser på én gang. Ved Cobas 6800 kan man kun få svar på corona, men med Roche flow kan man også undersøge for fx influenza, kighoste, mycoplasma eller andre luftvejssygdomme, da prøven kan udportioneres ud i flere forskellige mix.
  • Ulemper: Langsommere end Cobas 6800, og prøverne skal flyttes fra den ene maskine til den anden. Da der er flere maskiner involveret i processen, går der flere oplæringstimer til denne metode. 

Manuel analyse

Prøverne forbehandles og overføres manuelt til plastplader. Derefter benyttes en Promega Maxwell 48 til at oprense prøverne. Man pipetterer mixet og prøverne manuelt i realtime plader. Pladen lukkes til og køres i en LightCycler 480 eller ABI 7500 og efterfølgende analyseres kørslen og svarene overføres manuelt over i laboratoriesystem.

webAfdelingsbioanalytiker_Marlene_Olsen_Lightcycler480.JPG.jpg

Afdelingsbioanalytiker Marlene Olsen og LightCycler 480 , der anvendes i corona-analysen. Privatfoto


  • Antal prøver: 48.
  • Testtid: ca. 3,5 timer.
  • Kits: reagenser og plast utensilier.​

  • Fordele: Et fint alternativ, hvis der kommer til at mangle fx reagenser. 
  • Ulemper: Begrænset kapacitet. Der er mange manuelle trin i processen, hvor der er mulighed for at lave en fejl. Desuden er denne procedure meget personale-tung og vil belaste personalet meget ergonomisk.

I nærmeste fremtid håber man endvidere på at kunne foretage hurtigdiagnostik, fortæller afdelingsbioanalytiker Marlene Olsen. 

Med den nye metode kan man køre op til 20 prøver ad gangen, men der kan løbende fyldes kassetter på apparaturet og man behøver derfor ikke samle prøver sammen for, at det kan betale sig at starte en kørsel. Analysetiden forventes at være ca. 40 minutter, altså langt hurtigere. Der er bestilt kits til maskinen, men man har endnu ikke modtaget besked om, hvornår de ankommer.
​​​
LinkedIn Email Twitter