Kursusbeskrivelse:
Udviklingen af PCR og DNA sekventeringsteknologien har gjort det meget nemt og hurtigt at screene for mutationer i gener. Men når man finder sekvensvariationer/mutationer, hvordan finder man så ud af om de har en effekt, og om de virkelig spiller en rolle i udviklingen af den pågældende sygdom? Databaseviden om aminosyrers konservering i evolutionen og om lokaliseringen af den ændrede aminosyre i proteinets struktur, kan give nogle holdepunkter for at bedømme dette spørgsmål, men stadigvæk er det mest pålidelige system at udtrykke proteinet i et biologisk testsystem og analysere effekten af mutationen eksperimentelt.
Kursus vil strække sig over fire dage med teoretiske forelæsninger, små deltageroplæg og praktiske øvelser både i laboratoriet og ved computeren.
Med udgangspunkt i databaseviden (Bioinformatik) om potentielle sygdomsgener belyses teknikker, som anvendes til at analysere normale og mutante geners ekspression og omsætning i cellen. På kurset bruges et opmærket mitochondrielt protein, som importeres ind i isolerede mitochondrierne fra muse- eller rotteleverceller. Omsætning/foldning af normal eller muteret protein til den aktive konformation kan følges gennem gelelektroforese, og proteinets skæbne kan anskueliggøres ved kvantitering vha. phosforimager udstyr.
Kurset sammensættes af tre elementer:
1. Konstruktion af vektorer til ekspression af mutantproteiner (introduktion af mutationer vha. PCR teknikker, kloning af muteret cDNA i ekspressionsvektor).
2. Analyse af mutantproteiners omsætning i cellen (rekombinant ekspression, mutantproteinets interaktion med cellens protein kvalitetskontrolsystem, foldning af proteinet til den aktive konformation).
3. Opsamling og brug af informationer om potentielle sygdomsgener fra DNA – protein og sygdomsdatabaser. Forudsigelse af mutationers indflydelse på proteinets struktur ved hjælp af computermodellering.
Til hver øvelse vil der være en vejleder som er til stede under hele kurset. Øvelserne foregår på MMF.
Der vil være max. fire deltage på hvert øvelseshold.
Forudsætninger:
Teoretisk og praktisk kendskab til genteknologiske metoder. Bl.a. mutationsfinding ved brug af PCR og sekventering.
Undervisere:
Lektor Peter Bross.
Professor Niels Gregersen.
Lektor Brage S. Andresen.
Afdelingsbioanalytiker Vibeke Stenbroen Winter.
Adjunkt Søren Vang.
Post.doc. Christina Bak Pedersen.
Undervisningsmateriale:
Understanding DNA and gene Cloning: A Guide for the Curious, nyeste udgave.
Relevante artikler som udsendes til deltagerne.
